ChordSurv z CM UMK: darmowa aplikacja do wizualizacji badań

Badacze z Bydgoszczy proponują proste rozwiązanie trudnego problemu: zamiast rozbijać wyniki na kilka wykresów i tabel, ChordSurv pozwala ułożyć wszystko w jednej, spójnej rycinie. Aplikacja powstała w Collegium Medicum im. Ludwika Rydygiera Uniwersytetu Mikołaja Kopernika i jest skierowana do osób analizujących złożone zbiory biomedyczne — od projektów naukowych po rozprawy i granty.

ChordSurv łączy trzy światy, które zwykle prezentuje się osobno: strukturę danych, wyniki testów statystycznych oraz wnioski z analiz przeżycia. W centrum są wykresy typu chord (cięciwy) — wielowarstwowe, dzięki czemu można na nich zestawić relacje między grupami i kategoriami, a obok dodać m.in. wykresy kolumnowe, pudełkowe i punktowe. Wykres korelacji z linią regresji oraz krzywe Kaplana–Meiera domykają całość, pozwalając pokazać zależności i ich znaczenie statystyczne bez rozpraszania odbiorcy po wielu ilustracjach.

Dla autorów publikacji ważny jest także „warsztat edytorski”. Program umożliwia eksport wysokiej jakości grafik zarówno wektorowych, jak i rastrowych, szeroką personalizację wyglądu rycin oraz pracę w dwóch wersjach językowych — polskiej i angielskiej. Dane można wczytywać z popularnych formatów plików: CSV, XLSX oraz JSON.

Autorem rozwiązania jest dr hab. Maciej Gagat, prof. UMK, kierownik Katedry Histologii i Embriologii Collegium Medicum im. Ludwika Rydygiera w Bydgoszczy Uniwersytetu Mikołaja Kopernika w Toruniu. Nad rozwojem aplikacji pracują wspólnie doktoranci tej Katedry: mgr Klaudia Bonowicz-Kozłowska, mgr Dominika Jerka oraz mgr Damian Twardak. Efekt tego zespołu łączy doświadczenie pracy z danymi laboratoryjnymi i klinicznymi z nowoczesnym zapleczem informatycznym.

Twórcy zakładają szerokie wykorzystanie narzędzia: w naukach medycznych, biologii, farmacji i weterynarii — wszędzie tam, gdzie analizuje się relacje między wieloma zmiennymi. Ich deklarowany cel jest prosty: podnieść jakość i przejrzystość prezentacji wyników w artykułach, rozprawach i wystąpieniach, tak by jedna dobrze zaprojektowana rycina „niosła” maksimum treści.

Projekt jest rozwijany w Katedrze Histologii i Embriologii CM UMK. Kolejne edycje powstają w reakcji na potrzeby środowiska naukowego i uwagi użytkowników z Polski i zagranicy, a równolegle przygotowywana jest publikacja naukowa opisująca zastosowane rozwiązania i ich potencjał w analizie danych biomedycznych.

Najnowsza wersja — ChordSurv v1.2.3 — jest dostępna bezpłatnie na stronie aplikacji ChordSurv. Dla zespołów badawczych z regionu i nie tylko to szybki sposób, by sprawdzić, jak aplikacja ChordSurv Bydgoszcz radzi sobie z prezentacją złożonych wyników na jednej rycinie.